Am Ende des ersten Teils ist der Planet Arrakis zum Schauplatz eines brutalen Anschlags, der Folge einer Intrige zwischen dem Imperator des Universums Shaddam IV (Christopher Walken) und dem Volk der Harkonnen war. Der Angriff richtete sich spezifisch gegen das Haus Atreides, das nach Arrakis gekommen war, um das dort in der Luft liegende Spice zu ernten und darüber hinaus friedlich zu herrschen. Bei der gewalttätigen Auseinandersetzung starb das Familienoberhaupt (Oscar Isaac), sein Sohn Paul Atreides (Timothée Chalamet) und seine Mutter konnten fliehen und fanden Unterschlupf bei den Fremen, den Einheimischen von Arrakis. Bei ihnen lernt Paul Chani (Zendaya) kennen, die er nun in „Dune 2“ zur Frau nimmt und die ihm ein Kind gebärt. Während er den Fremen neue Kampftechniken beibringt, lernt er von den Fremen wie man in der Wüste überlebt. Paul nennt sich fortan Muad'Dib. Das Spice verstärkt Pauls seherische Fähigkeiten und für die Fremen wird er zum Messias und Anführer an. In Pauls Visionen zeichnet sich ein bevorstehender Krieg mit den Harkonnen und dem Imperator ab. An Paul und den Fremen hängt das Schicksal des Universums ab.